mysqlreport makes a friendly report of important MySQL status values.

http://hackmysql.com/mysqlreport

mysqlidxchk

mysqlidxchk (MySQL Index Checker) checks MySQL databases/tables for unused indexes. Given one or more slow, general, or "raw" log files, mysqlidxchk reports which indexes in the database schema are not used by the queries in the log files.

http://hackmysql.com/mysqlidxchk

mysqlsla

MMM (Multi-Master Replication Manager for MySQL)

a set of flexible scripts to perform monitoring/failover and management of MySQL master-master replication configurations (with only one node writable at any time).

http://mysql-mmm.org/

innotop

The best top clone for MySQL, with special attention paid to InnoDB

http://code.google.com/p/innotop/

innodb-tools

Data Recovery Toolkit for InnoDB - set of tools for checking InnoDB tablespaces and recovering data from damaged tablespaces or from dropped/truncated InnoDB tables.

http://code.google.com/p/innodb-tools/

mysqlsniffer

a tcpdump clone specifically for dumping/sniffing/watching MySQL network protocol traffic over TCP/IP networks. mysqlsniffer is coded in C using the pcap library and works with MySQL version 4.0 and newer. mysqlsniffer is the only MySQL-specific network sniffer.

http://hackmysql.com/mysqlsniffer